別峰院は黄檗宗 萬福寺の南にある塔頭寺院。

隠元隆琦の孫弟子にあたる鉄文道智(てつぶん どうち)が、1675年(江戸時代)に創建した。
鉄文道智(1634-1688)は、柳川２代藩主 立花忠茂の招きを受けて、立花家の菩提寺福厳寺の中興開山となり、藩主の帰依を受けている。
その支援によって別峰院は創建された。

本堂の中央に釈迦如来坐像、向かって右に観音菩薩、向かって左に勢至菩薩が安置されている。

別峰院では２０１８年８月２６日に、京都の都うちわを手作り体験できる、イベント予定している。